Innanzi tutto assicurati di aver effettivamente sovrascritto il vecchio masterbase e il sets.dat, e di non avere più masterbase nella stessa cartella della mws.

Poi bisogna anche vedere che masterbase usavi prima, perchè in teoria se avevi fatto vecchi mazzi usando carte di espansioni che ora hanno diversa abbreviazione del set nel nuovo masterbase, non riesci poi a caricarle (un esempio classico è la mana crypt, che in molti master viene spesso messa in diverse abbreviazioni del set). Questo problema cmq succede aprendo il mazzo nel modulo di gioco.. prova ad aprirlo nella libreria.. al più di dovrebbe dire "carte non trovate: [elenco]" e ti basta sostituire quelle carte con la loro "nuova" versione, e non dovreti avere altri problemi.